Eine außerirdische Armada von Jupiter hat genug Kraft angehäuft, um alle Verteidigungsanlagen der Erde zu zerstören. Die letzte Hoffnung der Erde liegt im Space Battleship Nadesico, einem Schiff, das mit kürzlich entdeckter außerirdischer Technologie gebaut wurde.
Kann die Rag-Tag-Crew der Nadesico ihre Eigenheiten überwinden und die außerirdische Flotte besiegen, oder wird die letzte Hoffnung der Erde verloren gehen?
Der Manga unterscheidet sich stark vom Anime. Er erschien 1997 im Magazin Shounen Ace von Kadokawa Shoten. Er umfasst 4 Bände. In Deutschland erschienen die Mangas 2001 bei Planet Manga.